Chùa được xây lại vào đầu thế kỷ XVIII, nhưng theo một số tài liệu lịch sử thì chùa Bổ Đà (với tên gọi xưa là Tứ Ân Tự - theo "Bách Khoa Tri Thức Phổ Thông" - NXB VHTT 2005) còn có trước đó rất nhiều. Nơi đây từng là trung tâm Phật giáo của nước ta thời nhà Tiền Lê - thế kỷ XV, và xa hơn nữa là có nguồn gốc từ thời nhà Lý - thế kỷ XI (theo "Non Nước Việt Nam" - phần Bắc Giang, NXB Hà Nội, 2005). Chùa Bổ Đà là một tập hợp di tích gồm chùa chính (Tứ Ân Tự, nằm sườn núi) cùng hai đền thờ Đức Thánh Hoá và Thạch Tướng Đại Vương ở trên đỉnh núi.

Chùa Bổ Đà cũng là nơi huấn luyện tăng ni, Phật tử của hội Phật Giáo tỉnh Bắc Giang trong một thời gian dài. Về đây, người ta sẽ được chiêm ngưỡng tượng thờ Trúc Lâm Tam Tổ (gồm Trần Nhân Tông, Pháp Loa và Huyền Quang). Nhưng một điều đặc biệt nhất mà không ai có thể bỏ qua khi đến thăm chùa này là được vào kho xem bộ kinh Phật cổ khắc trên gỗ (ảnh).

Bộ kinh được xếp trên 8 chiếc giá, mỗi giá có 4 tập sách kinh gồm 240 tấm ván gỗ hợp thành, tất cả có khoảng gần 2000 tấm. (Trước đây một số người đến xem bộ kinh này, do hiếu kỳ đã cầm đi một vài tấm ván kinh, nên hiện có một số tấm kinh phải làm lại để bổ sung vào). Mỗi tấm gỗ dùng để khắc kinh dài trung bình là 50cm, rộng 25cm và dày khoảng 2,5cm. Nếu muốn xem đồng loạt toàn bộ kho kinh cổ ở đây thì phải có khoảng đất rộng 250m2 để rải các tấm ván kinh ra. Bộ kinh được khắc trên gỗ thị, một loại cây gỗ mọc phổ biến ở vùng rừng núi này. Gỗ thị không những bền mà nó còn rất nhẹ, đây cũng là một đặc điểm thuận lợi để khắc cũng như vận chuyển kinh.

Trải qua 247 năm (kể từ khi nó ra đời, năm 1759 - vào thời Hậu Lê) đến nay bộ kinh vẫn còn khá nguyên vẹn. Đặc biệt là những tấm gỗ thị dùng để khắc kinh đều rất bền, đẹp, không hề bị mối mọt, dù chẳng phải dùng một loại thuốc bảo quản nào. Kinh được khắc nổi bằng chữ Hán, nét chữ tinh xảo, đến nay vẫn còn rất sắc, rõ. Sự điêu luyện của những bậc tiền bối khắc Kinh ở chùa Bổ Đà xưa có thể so sánh với những nét chạm khắc trên các pho tượng La Hán ở chùa Tây Phương (Hà Tây) cùng thời.

Theo vị hoà thượng trụ trì tại chùa hiện nay thì bộ kinh được hình thành xuất phát từ ý tưởng của các vị tổ sư, đồng thời cũng là những người xây dựng ra ngôi chùa này (vào đầu thế kỷ XVIII) muốn có một bộ kinh để truyền dạy đạo Phật, đồng thời là một di vật Phật học đặc biệt để lại cho đời sau. Bộ kinh mang những tư tưởng của hai dòng Phật giáo lớn nhất Châu AÁ xưa là Âận Độ và Trung Hoa.

Đặc biệt, bộ kinh khắc gỗ này có nói đến những đặc trưng của Phật giáo Trung Hoa khi được truyền vào Việt Nam với 3 tông phái (Thiền tông, Tịnh độ tông và Mật tông). Trọng tâm của bộ kinh nói đến nỗi khổ của con người và sự giải thoát. Trong đó tiêu biểu nhất là Tứ Diệu Đế - 4 chân lý kỳ diệu của đạo Phật, gồm: Khổ Đế (chân lý về bản chất của nỗi khổ), Nhân Đế (là chân lý về nguyên nhân làm phát sinh của nỗi khổ), Diệt Đế (là chân lý về cảnh giới để diệt cái khổ) và Đạo Đế (chân lý về 8 con đường diệt khổ hay con gọi là bát chính đạo).

Bộ kinh Phật bằng gỗ này còn nói đến cõi niết bàn, những vòng luân hồi chuyển kiếp của một đời người, giải thích thế nào là sự tu nhân tích đức, cõi vô vi... Bộ kinh cũng thể hiện những tư tưởng của Phật giáo Việt Nam, đặc biệt là có sự ảnh hưởng của dòng Phật giáo thiền phái Trúc Lâm Tam Tổ (do Vua Trần Nhân Tông 1258-1308 sáng lập ra ở Yên Tử - Quảng Ninh). Phái Trúc Lâm này sau đó được Pháp Loa và Huyền Quang phát triển và cực thịnh ở nước ta hồi thế kỷ XIV-XV, trong đó vùng rừng núi Việt Yên ngày nay là một trong những nơi ảnh hưởng sâu đậm...