Sưu tập cột kinh Phật thời Đinh, thế kỷ 10, tại kinh đô Hoa Lư (nay thuộc Ninh Bình), do Nam Việt vương Đinh Khuông Liễn, con trai trưởng vua Đinh Tiên Hoàng dựng.
Cột kinh được phát hiện lần đầu năm 1963, đến năm 1991 mới tìm thấy đầy đủ bộ phận.
Tên đầy đủ của bộ tượng là Tam thế thường trụ diệu Pháp thân. Pháp thân là chân thật; diệu là đẹp, sáng, tinh thế, nhiệm màu, thoát khỏi phiền não; thường trụ là luôn tồn tại. Bộ tượng mang ý nghĩa thời quá khứ, hiện tại, vị lai tồn tại vĩnh hằng không bị lệ thuộc vào hình, danh, tướng, sắc của thế giới hữu hình cũng như không gian và thời gian. Bộ tượng tam thế còn tượng trưng cho 3.000 vị Phật ở ba đại kiếp (mỗi đại kiếp tương ứng 1,344 tỷ năm).
Chùa Trăm Gian còn lưu được 896 mộc bản, chia thành 26 bộ kinh sách, 7 mộc bản tồn nghi, 67 mộc bản khắc mới.
Phần lớn mộc bản tại đây là các bộ kinh, luật lớn được lưu truyền rộng rãi trong Phật giáo như Dược sư kinh, Nhân Vương hộ quốc kinh, Ngự chế khoá hư, Viên Giác kinh lược sớ, Viên Giác kinh cận thích, Phật thuyết giác thế quốc âm chân kinh…
Ngoài mộc bản chữ Hán, chùa Trăm Gian còn lưu giữ mộc bản chữ Nôm như Phật thuyết Giác thế quốc âm chân kinh; Ngũ giới quốc âm, Thập giới quốc âm trong bộ Hành trì tập yếu chư nghi…
Các văn bản Phật giáo được khắc in tại chùa Trăm gian có vai trò quan trọng để tìm hiệu sự hình thành các sơn môn Phật giáo tại Việt Nam.
Luật Di sản văn hóa quy định bảo vật quốc gia phải là hiện vật gốc độc bản, hình thức độc đáo, có giá trị đặc biệt liên quan đến sự kiện trọng đại của đất nước hoặc sự nghiệp của anh hùng dân tộc, danh nhân tiêu biểu.
Bảo vật quốc gia cũng có thể là tác phẩm nghệ thuật nổi tiếng về giá trị tư tưởng, nhân văn, thẩm mỹ, tiêu biểu cho một khuynh hướng, phong cách, thời đại; hoặc là sản phẩm được phát minh, sáng chế tiêu biểu, có giá trị thực tiễn cao, thúc đẩy xã hội phát triển ở một giai đoạn lịch sử nhất định; hoặc là mẫu vật tự nhiên chứng minh cho các giai đoạn hình thành và phát triển của lịch sử Trái đất, lịch sử tự nhiên.
Từ năm 2012 đến nay, Thủ tướng 12 lần công nhận 294 bảo vật quốc gia.
