Năm Tân Sửu (1601), chúa Nguyễn Hoàng nhân vào Hóa Châu tuần du, đã đặt chân đến đây, thấy phong cảnh tuyệt đẹp, địa thế tốt lành, ngôi chùa danh tiếng bị hư hỏng. Chúa cho dựng lại chùa, lấy tên “Thiên Mụ Tự”.
Đời vua Tự Đức, chùa được đổi tên là “Linh Mụ Tự”. Năm 1665, chúa Nguyễn Phúc Tần cho trùng tu ngôi chùa, quy mô kiến trúc còn nhỏ. Năm 1695, Thiền sư Thạch Liêm, người Trung Quốc, được chúa Nguyễn mời làm trụ trì chùa.
Từ chùa Thiên Mụ và chùa Khánh Vân (Huế), ngài đã truyền bá Thiền phái Tào Động ở đàng Trong. Năm 1710, chúa Nguyễn Phúc Chu cho đúc đại hồng chung cao 2,5m, nặng 3.285 cân.
Đến năm 1714, Chúa cho đại trùng tu chùa với quy mô lớn, mở khóa an cư kiết hạ trong vườn Tỳ Da suốt tháng, và cho người sang Trung Quốc thỉnh Tam Tạng kinh điển đem về lưu giữ tại chùa. Năm 1715, công trình hoàn thành, chúa cho dựng bia để ghi nhớ. Tấm bia cao 2,58m, đặt trên lưng con rùa bằng cẩm thạch, có bài minh ca ngợi ngôi danh lam này :
“… Phía Nam nước Việt chừ, núi sông đẹp đẽ
Ngôi chùa hùng tráng chừ, cửa Thiền nắng chiếu
Tánh vốn trong sạch chừ, nước chảy róc rách
Đất nước an ổn chừ, bốn cảnh thanh nhàn.”
Vào thời nhà Nguyễn, các vua Gia Long, Minh Mạng, Thiệu Trị, Thành Thái đều cho trùng tu chùa.
Năm 1844, vua Thiệu Trị cho xây bảo tháp Từ Nhân bảy tầng, hình bát giác, cao 21m, mỗi tầng tôn trí một tượng Như Lai bằng vàng. Năm sau, vua sắc chỉ đổi tên là Phước Duyên bảo tháp. Trước tháp, vua cho dựng đình Hương Nguyện. Hai bên đình, dựng hai nhà bia. Trước đình, dựng trụ hoa biểu.
Chùa bị hư hỏng nặng năm 1943. Từ năm 1945, Hòa thượng Thích Đôn Hậu đã tổ chức công cuộc đại trùng tu kéo dài hơn 30 năm.
Ngày 28-8-2003, chùa đã khởi công đại trùng tu, hoàn thành năm 2007.
Điều đặc biệt là chùa hiện giữ hai kỷ lục Phật giáo Việt Nam :
1. Tháp Phước Duyên – ngôi tháp bát giác cổ và cao nhất Việt Nam (Trung tâm Sách Kỷ lục Việt Nam xác lập kỷ lục năm 2006).
2. Tấm bia thời Lê Trung Hưng lớn nhất Việt Nam (Trung tâm Sách Kỷ lục Việt Nam xác lập kỷ lục năm 2008).
Ngôi chùa hiện nay là một trong 16 công trình nằm trong danh mục Di sản văn hóa thế giới (1993) của quần thể di tích Huế.
Gió đưa cành trúc la đà,
Tiếng chuông Linh Mụ canh gà Thọ Xương.
Chùa Thiên Mụ là ngôi cổ tự nổi tiếng. Câu ca dao từ bao đời đã để lại trong lòng người dân Huế và du khách đến Huế hình ảnh một cảnh chùa đẹp, thơ mộng bên bờ sông Hương.
Đường đến chùa
Toàn cảnh chùa
Đường lên chùa
Tháp Phước Duyên
Bàn thờ Phật trong tháp Phước Duyên
Sông Hương nhìn từ trên tháp Phước Duyên
Đại hồng chung
Bia cổ (năm 1715)
Nghi môn
Tượng Dược Xoa
Sân trước chùa
Ngôi chính điện
Điện Phật
Bàn thờ Quan Âm
Bàn thờ Địa tạng
Bàn thờ Minh Vương
Chư Tăng tụng kinh
Điện thờ Quan Âm
Điện thờ Địa Tạng
Nhà khách
Bài và ảnh: Võ Văn Tường
