Hồ Sơn cổ tự tọa lạc trên một khu đất cao giữa lòng TP Tuy Hòa được bao quanh bởi làng mạc, ruộng vườn, rợp bóng cây xanh. Nói là giữa lòng thành phố, nhưng Hồ Sơn cổ tự khá tách biệt với cái ồn ào của đô thị. Chùa có một vườn chim rộng hơn 1 mẫu đất với nhiều loài chim như bồ câu Pan, gà tây, gà ri, gà sao, trĩ đỏ công… và xung quanh là một vườn cây ăn trái, cây xanh rợp bóng quanh năm.
Theo sử sách, chùa Hồ Sơn được tạo lập cách đây khoảng hơn 300 năm. Năm 1975, chùa được trùng tu theo kiến trúc cổ lầu. Quy mô chùa bề thế trên vùng đất có phong cảnh hữu tình, có Quan âm các, hồ sen soi bóng… khung cảnh vừa an lạc, thâm nghiêm và tĩnh mịch. Hồ Sơn cổ tự được xếp vào hàng danh lam ở Phú Yên và cả nước. Điều đặc biệt, khách thập phương khi đến vãng chùa Hồ Sơn, ngoài ngưỡng vọng đức phật, tĩnh tâm, chiêm nghiệm cuộc sống, còn được ngắm vườn chim quý và những loài chuối lạ.
Hòa thượng Thích Nguyên Đức, trụ trì chùa Hồ Sơn cho biết, nhờ môi trường gần gũi với thiên nhiên đã dần dần kéo nhiều loại chim về cư trú và trở thành vườn chim từ sau năm 1975. Từ đó, nhà chùa xây dựng vườn chim, trong đó có những loài trong sách đỏ Việt
Ngoài ra, ở vườn nhà chùa còn có nhiều loại cây trái lạ như chuối nà quạ (tá quạ), chuối tím (cơm lửa), chuối sáp, chuối búp sen…
