Đến thế kỷ XVIII, năm Chính Hòa thứ 4 (1703), Hồng Phúc tự được trùng tu với quy mô lớn và tiến sĩ Hà Tông Mục ở phủ Phụng Thiên đã soạn văn bia, trong đó có ghi địa danh Đông Bộ Đầu, liên quan đến chiến công lẫy lừng trong thời Trần.
Về chiến công này, Đại Việt sử ký toàn thư đã ghi: “Vua và Thái tử ngự lâu thuyền, tiến quân đến Đông Bộ Đầu đón đánh, cản phá được quân giặc”. Sau đó, các nhà sử học đã khẳng định, Đông Bộ Đầu chính là một bến sông thuộc phường Hòe Nhai của Kinh thành Thăng Long ngày trước, ghi dấu chiến thắng của quân dân Đại Việt trong cuộc kháng chiến chống quân xâm lược Nguyên Mông năm 1258.
Chiến thắng oanh liệt tại bến Đông Bộ Đầu được xác định lại địa điểm bởi tấm bia trong ngôi chùa cổ Hòe Nhai. Đó là sự kết hợp kỳ diệu của lịch sử và văn hóa trong tâm thức nhân dân mà cội rễ là văn hiến Thăng Long – Đại Việt.
Ngày nay, chùa Hòe Nhai là một trong những di tích, danh thắng nổi tiếng của Thủ đô Hà Nội. Chùa được xây dựng theo kiểu chữ công. Phía trước là chính điện, phía sau là nhà tổ và tăng phòng, xung quanh là hành lang. Thượng điện còn giữ được nhiều bức chạm hình tứ linh và các cửa võng sơn son thếp vàng. 68 pho tượng được làm bằng nhiều chất liệu: đồng hun, gỗ quý, đất nện, được sơn son thếp vàng. Chùa là chốn tổ của phái Tào Động – một thiền phái lớn của Phật giáo Việt Nam có từ thế kỷ XVII.
Cùng với Tứ Trấn Thăng Long, chùa Hòe Nhai đang được tôn tạo nhà Tiền tế và một số hạng mục, để mừng Đại lễ 1.000 năm Thăng Long – Hà Nội.
