Theo thông tin từ dân gian và các cụ già trong làng kể lại, có lẽ Chùa được xây dựng vào thời kỳ đầu Lê sơ, cách ngày nay khỏang 600 năm.
Chùa Khánh Long này được nhân dân thường gọi là Chùa Hón, bên cạnh một cụm địa danh có tên làng Hón, chợ Hón, cầu Hón…
Vào cuối Thế kỷ XIX, thời kỳ Pháp xâm lược Bắc kỳ, do điều kiện giặc giã Chùa đã bị đốt cháy rụi.
Tiếp đó, dân làng lại quyết tâm cùng nhau xây lại chùa, tạc tượng đúc chuông.
Thế sự vô thường, vào năm Canh Thìn (1952), bom đạn của Pháp đã bán phá làng, Chùa tan hoang đổ nát. Chùa bị phá hỏng hoàn toàn, thành một vùng đất hoang trống.
Khi đời sống nhân dân cải thiện, nhu cầu đời sống tâm linh được đòi hỏi. Thời duyên hội tụ, được sự quan tâm và tạo điều kiện của các cấp Đảng Uỷ, chính quyền địa phương, Ban Trị Sự Phật Giáo Tỉnh đã có quyết định bổ nhiệm Đại Đức Thích Nguyên Phong về trụ trì Chùa Khánh Long để điều hành mọi họat động Phật sự và hướng dẫn Phật tử tu tập theo chính pháp Như Lai, cũng như theo hiến chương GHPG Việt Nam.
Nhờ sự nhiệt tình đóng góp công sức, tiền của của nhân dân địa phương và Phật tử gần xa, đến nay, Chùa đã xây dựng xong được nhà thờ Tổ và hoàn thành phần ép móng cọc và các cột lưng chừng.
Chính điện là ngôi tâm linh chính yếu trong bổn tự, là cơ sở cho cư gia bá tính thập phương quy tụ hướng về đỉnh lễ chiêm bái đức Phật cũng như thực hành và phát triển đời sống hướng thiện theo lời dạy của Ngài.
Nhưng điều kiện tài chính lại có phần giới hạn nên việc xây dựng phát triển cơ sở cũng đang tạm ngưng.
Với tinh thần hoằng pháp lợi sinh, đem chính pháp an vui đến cho đời, thầy Trụ Trì đã tạo duyên lành và mở những khóa tu niệm Phật cho Nam Nữ Phật Tử có cơ hội lắng nghe chính pháp Thế Tôn và hành trì chuyển hóa tâm thức để có được đời sống hạnh phúc hiện tại.
Bên cạnh đó, thầy còn tổ chức cho các em Thanh Thiếu Niên Phật Tử, hướng dẫn các em trở về với nếp sống đạo đức, thấy được niềm vui trong lời dạy Đức Phật cũng như ý thức sửa đổi những thói quen xấu trong chính mình từ đó phát triển điều lành mang sự an vui hạnh phúc đến cho gia đình, bè bạn, xã hội,…
Với tinh thần và ý nghĩa đó, nhưng cơ sở thờ tự vẫn chưa ổn định. Thiết nghĩ, vì chính pháp được trường tồn, hạnh phúc Lời Phật dạy được tỏa ngạn trong nhân gian, chúng tôi mong rằng với sự xem xét và tìm hiểu của chư thiện tri thức, của các nhà hảo tâm, của chư mạnh thường quân…khắp nơi.
Kính cầu nguyện chư Phật gia hộ, chư Bồ Tát, chư Hiền Thánh Tăng, Thiên Long Bát Bộ phò trì. Chư vị hảo tâm muôn phương tạo điều kiện cho bổn tự này được sớm tròn xong viên mãn để có nơi nương tựa ổn định cư gia bá tính khắp nơi gần xa đỉnh lễ chiêm bái, và đặc biệt là có cơ sở để tu tập hành trì.
