Chùa Từ Vân do Trưởng lão HT.Thích Nhơn Trực, húy thượng Như hạ Chất, tự Tâm Phát, hiệu Nhơn Trực, đời thứ 42 dòng Lâm Tế khai sơn năm 1952. Sau hơn 60 năm xây dựng và phát triển chùa Từ Vân đã trải qua nhiều lần trùng tu: lần thứ nhất năm 1964, sau mùa pháp nạn Phật giáo miền Nam 1963. Trùng tu lần thứ hai năm 1970, lần thứ ba năm 1974 và trùng tu gần đây nhất năm 1988, ngôi chùa có quy mô như hiện nay, phạm vũ huy hoàng trang nghiêm tú lệ gồm: Chánh điện, hậu Tổ, đông lan, tây trúc, nhà trù, phòng thuốc Từ thiện, cổng Tam quan, Tháp Tổ Khai sơn, Bửu tháp Xá lợi, tượng Phật Mẫu Chuẩn Đề lộ thiên…
Trưởng lão HT.Thích Nhơn Trực ngài không những là Tổ Khai sơn chùa Từ Vân (Nha Trang), mà còn là Trụ trì chùa Linh Phong, chùa Long Quang (Nha Trang). Ngài là vị gia trì hiển mật uy danh, vang đức một thời của Phật giáo tỉnh Khánh hòa, bậc Thầy của nhiều vị gia trì chẩn tế bấy giờ, đồng thời ngài là Tổ của đoàn Múa Lục cúng hoa đăng (Ninh Hòa). Sau năm 1980, ngài được GHPGVN tỉnh Phú Khánh (nay là Khánh Hòa) suy tôn Đàn Đầu Đệ Tam Hòa thượng và được Giáo hội suy cử thành viên Hội đồng Chứng minh Giáo hội Phật giáo Việt Nam.
Trưởng lão HT.Thích Nhơn Trực đã thâu thần an tường viên tịch vào ngày 28-7 năm Đinh Mão (1987), trụ thế 102 năm (1886-1987). Ngài là bậc tôn túc có tuổi thọ cao nhất của Phật giáo Khánh Hòa. Tháp ngài tôn trí tại chùa Từ Vân (Nha Trang).
Lễ húy kỵ lần thứ 28 Tổ khai sơn chùa Từ Vân thực hiện theo nghi lễ truyền thống, lễ cầu nguyện quốc thái dân an, cầu siêu cửu huyền thất tổ siêu sinh lạc quốc, cầu thế giới hòa bình, chúng sinh an lạc.
