Thượng tọa Thích Thanh Nhã, trụ trì chùa Trấn Quốc khẳng định các hạng mục chính được tu bổ sẽ là nhà Tả, Hữu vu, xây dựng cổng Tam quan, vườn tháp, nhà vệ sinh, khu bếp và sẽ không có kế hoạch xây cầu đá trong khu di tích.
Nhà chùa sẽ thực hiện việc tu bổ bằng cách “hạ giải” những cấu kiện gỗ đã mục nát và thay bằng gỗ lim chở từ Lào về. Theo Thượng tọa Thích Thanh Nhã, vào mùa mưa lũ, chùa thường bị ngập sâu, có lúc 40 – 50cm trong nhiều ngày liền, làm mục ruỗng nhiều cấu kiện gỗ và các văn bia – vốn là những yếu tố tạo nên sự độc đáo của chùa.
Tuy nhiên, , ông Nguyễn Thế Hùng, Cục trưởng Cục Di sản, Bộ Văn hóa – Thể thao và Du lịch nói dù đã động thổ dự án tu bổ chùa Trấn Quốc (cuối tháng 6.2009) nhưng đến nay, Ban quản lý dự án vẫn chưa có hồ sơ hoàn chỉnh về kế hoạch tu bổ trình Bộ xem xét.
