Gọi là chùa Hang vì là ngôi thờ Phật trong hang, trông bên ngoài chỉ là một ngọn núi nhuốm màu hoang dã nhưng trong lòng núi là một động đá vôi thẳng theo trục Đông Bắc – Tây Nam, chiều dài hơn 50m, cửa động nhìn ra biển.
Chùa Hang thực chất là núi đá vôi bị xâm thực có cách đây hơn 1000 năm. Thiên nhiên đã tạo nên một động thật độc đáo, động khá cao cỡ trần nhà nhưng do chiều dài nên trong động thiếu ánh sáng, ở giữa động tối như màn đêm. Chùa Hang, mảnh đất ấy từ bao đời nay đã thật sự gắn bó cùng lịch sử dựng nước và giữ nước của dân tộc.”
Mặc dù chùa Hang đã tồn tại suốt gần 300 năm thế nhưng người ta chưa được hiểu biết gì nhiều lắm về lịch sử thành lập ngôi chùa được xem là một trong những thắng cảnh đẹp nhất của tỉnh Kiên Giang.
Nếu có, chỉ là những dòng chữ miêu tả cảnh chùa trong Đại Nam Nhất Thồng Chí, tập 5, quyển 26, tỉnh Hà Tiên, mục Sơn Duyên Chí và ít nhiều ký ức của các vị bô lão tại địa phương, thậm chí những lời kể này có khi mâu thuẫn nhau ở từng niên đại và người sáng lập chùa.
Tuy thế, theo những lời kể đáng tin cậy nhất trong đó có ông Danh Măng (72 tuổi), một cư dân mà trước ông 4 đời luôn gắn bó với chùa Hang, thì ngôi chùa này được thành lập vào những thập niên đầu của thế kỷ 18. Thời bấy giờ, một vài nhà sư Xiêm La theo đoàn ngư dân xứ này đến đánh cá tại vùng đất Hà Tiên đã đưa 2 tượng Phật Thích Ca từ xứ sở của họ sang thờ phượng trong một hang núi tự nhiên tại Hòn Chông thuộc xã Bình An, huyện Kiên Lương hiện nay. Cư dân địa phương lúc đó đa số là gốc Khmer, gốc Hoa và một số ít là người Việt đến buôn bán tại đây.
Ngôi chùa do các vị sư người Xiêm La quản lý cho đến những năm đầu thập niên 1770. Vào thời điểm này, vùng Hà Tiên bị quân Xiêm La tràn sang xâm lược (1771).
Khi quân Xiêm bị đánh đuổi về nước (1774), các vị sư người Xiêm hành đạo tại ngôi chùa nói trên buộc phải về theo vì sợ bị trả thù. Ngôi chùa (vẫn chưa có tên hiệu đến thời điểm này) đành phải bỏ hoang phế suốt một thời gian dài.
Trước tình hình này, cư dân địa phương người gốc Khmer đã cung thỉnh một vài vị sư người gốc Khmer đến trụ trì. Song, chẳng được bao lâu, có thể do tập tục và cũng có thể do không hợp phong thổ nên các vị sư này chuyển ra ngoài, dựng một ngôi am nhỏ dạng nhà sàn gần đó để tu hành.
Đến nay, ngôi am này còn sót lại những cây cộc chống. Nhiều năm sau đó, các vị sư này lại thành lập một ngôi chùa lớn khác cách ngôi am cũ không xa.
Tuy tên hiệu chính thức của ngôi chùa này là Prakchaokia (Thái Lùa), người dân địa phương vẫn quen gọi là chùa Ba Trại (đến nay ngôi chùa này vẫn còn, thuộc hệ phái Nam Tông) vì chùa nằm trong vùng căn cứ nghĩa quân Ba Trại dưới chân núi Hòn Chông của Lãnh binh Nguyễn Trung Trực.
Sau khi các nhà sư gốc Khmer rời bỏ chùa Hang, cư dân địa phương đã cung thỉnh hai vị Hòa Thượng người Việt là 2 anh em ruột Võ Thường Lễ và Võ Thường Nghĩa (không rõ pháp danh) đến chỉnh trang và mở rộng thêm mặt bằng.
Vì thế, người ta vẫn xem 2 vị Hòa Thượng này là 2 vị khai sơn tạo lập ngôi chùa Hang nổi tiếng. Năm đó là năm 1800. Vì 2 vị Thường Lễ và Thường Nghĩa sống tịnh tu nên mỗi tháng 2 lần, vào ngày rằm và ngày đầu tháng, cư dân địa phương đến cúng dường thực phẩm cho đến khi người cuối cùng viên tịch vào năm 1865.
Kế tục trụ trì chùa Hang cũng là một vị Hòa Thượng người Việt pháp danh là Thiện Tông do cư dân địa phương cung thỉnh về. Vị Hòa Thượng này cũng sống tịnh tu nên ít tiếp xúc với người ngoài.
Vào một ngày rằm của năm 1920, khi cư dân địa phương đến cung cấp thực phẩm đã thấy Ngài không còn ở trong chùa nữa. Họ đổ xô đi tìm nhưng không tìm được dấu tích của Ngài nên đành phải thỉnh một vị trụ trì khác.
Mãi hơn 10 năm sau, một người đi rừng đến một hoang vắng trú mưa đã thấy di cốt của Hòa Thượng Thiện Tông trong bộ áo cà sa ngồi ở tư thế kiết già, cạnh đó là bình bát và gậy chống.
Cư dân địa phương lấy năm Hòa Thượng Thiện Tông ra đi làm năm Ngài viên tịch (lúc đó Ngài khoảng 80 tuổi) và đặt tên cho cái hang nơi phát hiện di cốt của Ngài là hang Phật Ngủ.
Đời trụ trì thứ ba của chùa Hang là Hòa Thượng Tố (không rõ pháp danh và thế danh) cũng sống tịnh tu và viên tịch vào năm 70 tuổi (1939).
Từ năm 1939 đến năm 1944, trụ trì chùa Hang là Hòa Thượng Chí Hòa (không rõ thế danh và hành trạng) cũng do cư dân địa phương cung thỉnh về và gọi thân mật là Sư Chưởng. Ngài viên tích vào năm 70 tuổi.
Đến năm 1953 cư dân địa phương cung thỉnh một Sư cô (không rõ thế danh và hành trạng) quen gọi là Cô Sáu về trông lo việc Phật sự.
Năm sau, cư dân lại cung thỉnh tiếp Hòa Thượng Thiện Hóa (thế danh Lê Quang Tư) lúc bấy giờ đang tu học tại chùa Thanh Hòa (xã Thuận Yên, TX. Hà Tiên hiện nay) về cùng tu và sau đó là trụ trì.
Năm 1975, Sư cô Sáu viên tịch. Hòa Thượng Thiện Hóa (Thầy Tư) tiếp tục trụ trì cho đến khi viên tịch vào năm 1999, thọ 79 tuổi.
Trong suốt 45 năm trụ trì chùa Hang, Hòa Thượng Thiện Hóa đã nhiều lần cho trùng tu và đặc biệt đại trùng tu vào năm 1962 theo dáng vẻ như ngày nay và được Bộ Văn Hóa Thông Tin công nhận là điểm di tích lịch sử và tham quan thắng cảnh vào năm 1989.
Từ năm 1999 đến năm 2002, chùa do ĐĐ. Thích Minh Hải trụ trì. Và từ 2003 do ĐĐ. Thích Minh Nhẫn trụ trì cho đến nay.
