Tuy nhiên trong giai đoạn nầy Đàng Trong đang diễn ra cuộc Trịnh Nguyễn Phân tranh, việc xây chuà gián đoạn từng hồi. Cũng trong giai đoạn nầy, nhiều thiền sư Trung Quốc không chịu thần phục nhà Mãn Thanh đã đến xứ Đàng Trong như Hoà Thượng Chuyết Công, Giác Phong Lão Tổ, Hoà Thượng Minh Cương, đặc biệt là ngài Minh Hoàng Tử Dung, người đề xướng và vận động để cất chùa Từ Đàm (tên trước là chùa Ấn Tôn).
Trong thiên Hồi Ký “Hải Ngoại Ký Sử” của ngài Thạch Liêm Thích Đại Sán (1695) cũng đề cập đến ngôi chùa Từ Đàm. Với nhận xét của ngài, chùa Ấn Tôn (Từ Đàm sau nầy), tuy quy mô nhỏ, nhưng kiến trúc khang trang, là nơi vân tập nhiều vị cao tăng, thiền đức. Đoạn văn viết: “Từ Đàm, nghĩa là Đám mây lành, quả đã quy tụ nhiều cao tăng Trung Hoa lẫn bản địa. Tín đồ Hoá Châu đến cúng lễ ngày càng đông…” (HNKS).
Chùa Từ Đàm nằm trong quần thể những ngôi chùa lớn vùng cố đô: chùa Ba La Mật (1714) chùa Diệu Đế (1844) chùa Quốc Ân (1689) chùa Thiên Mụ (1601) chùa Viên Thông (1746) chùa Hà Trung (1687), chùa Thánh Duyên (1832)… Ngôi chùa nầy được trùng tu qua nhiều lần vào những năm 1702, 1759, 1768, 1819 và đến nay đang hoàn thành đợt trùng tu quy mô, kiến trúc và điêu khắc, trang trí theo phong cách truyền thông nhưng chất liệu thì bền vững hơn.
Do ảnh hưởng to lớn của ngôi chùa nầy, cho nên vào ngày 9 tháng 5 năm 1704, chúa Nguyễn Phúc Chu đã sai ban “Sắc Tứ Ấn Tôn Tự”. Lễ nhân sắc tứ ngôi Quốc tự nầy được tô chức trọng thể với viên chức chính quyền, chư cao tăng trong toàn vùng, kể cả những thiền sư Trung Hoa sang hoằng hoá trong vùng nầy. Ngoài bảng ghi sắc tự như đã nói, chúa Nguyễn còn ban 2 tấm hoàng phi sơn son thiếp vàng, ghi: “Ấn đạo vãn sanh môn, Tôn vinh cực lạc quốc”
Kiến trúc ngôi chùa ban đầu được học giả Vân Hạc Lê Văn Hoè viết trên tờ Tri Tân Tạp Chí (4/1941) như sau: Chùa cất theo hình chữ “khẩu”, tiền điện ba gian hai chai, cột gỗ, mái tranh cọ được chọn lọc, sau có hậu viện, nhà thờ tổ; chung quanh chùa có tiểu la thành và đại la thành. Tam quan mang ý nghĩa: Thanh quan, đạo quan và trung quan. Trong chùa thờ Di Đà Tam Tôn, Thập Bá La Hán, bên cạnh có thờ Quan Công và Trấn Quan theo cách đồ tượng hỗn dung của người Trung Hoa và giới bình dân thời đó. Đây là mô thức chính yếu để sau đó (thế kỷ XVII trở về sau) những ngôi chùa lớn ở Huế cũng theo cơ cấu nầy để kiến tạo… (trích đoạn)
146 năm sau khi khởi công xây cất đầu tiên , vào đời Thiệu Trị Nguyên Niên, ngôi chùa nầy mới đổi tên là Từ Đàm (Mây lành) nhưng sắc tứ Ấn Tôn vẫn giữ nguyên. Từ Đàm được trích trong mẫu chuyện tiền thân đức Bổn Sư Thích Ca Mâu Ni ghi ở “Bản Sanh Truyện” (Jataka).
Từ cổng chùa Từ Đàm nhìn vào, ấn tượng sâu sắc nhất là cây bồ đề, cành lá sum sê. Nguyên gốc bồ đề được bà Rampeles, Tổng Thư Ký Viện Phật Học Phnom Penh mang sang tặng chùa vào ngày 12 tháng 8 năm 1939, khi tình hình thế giới đang sôi sục mở đầu Đệ nhị thế chiến và Tổng Thư Ký nầy cầu nguyện cho Việt Nam vẫn giữ được hoàn bình. Như vậy đến nây cũng đã 69 năm.
Chùa Từ Đàm là dấu ấn quan trọng của 3 sự kiện nổi bật nhất:
(1) Nơi khai sinh An Nam Phật Học Hội (Tân Mùi – 1931) và Giáo Hội Tăng Già Trung Việt (Tân Mão –1951).
(2) Ngôi chùa nầy cũng là nơi được khai sinh Gia Đình Phật Tử Việt Nam khi chuyển đổi từ Gia Đình Phật Hoá Phổ. Trường hợp nầy phải kể đến Đoàn Phật Học Dức Dục)
(3) Chùa Từ Đàm, chùa Diệu Đế là hai trung tâm phát xuất của chư tăng và Phật Tử Huế đứng lên tranh đấu chống kỳ thị tôn giáo dưới thời Tổng Thống Ngô Đình Diệm đòi thực thi “Năm nguyện vọng Phật Giáo” (1963). Sau đó (1966-1967) là nơi khởi phát phong trào đòi hoà bình cho VN, chấm dứt chiến tranh.
Những niên biểu chính
Năm 1936: Tâm Minh Lê Đình Thám quy tụ một số thanh niên tri thức tân học tại Trúc Lâm, Từ Đàm – Huế, phần lớn là con cháu các cư sĩ đã từng hoạt động trong hội An Nam Phật Học, và thành lập đoàn Thanh Niên Phật học Đức Dục. Ông cũng gọi cái tổ chức bằng danh từ Pháp ngữ “Commission d’Etudes Bouddhiques Et De Perfectionnement Moral”. Đích thân ông đứng ra hướng dẫn cho đoàn và dạy Phật pháp ở chùa Từ Đàm cho họ.
Năm 1938 Từ Đàm trở thành một trong những trung tâm tu học cho những trí thức học Phật. Đoàn Thanh Niên Phật Học Đức Dục lúc ấy là tượng trưng cho một đạo Phật rất “mới”. Bài ca chính thức của đoàn được soạn và hát ca bằng tiếng Pháp! Điều này khiến cho giới thiếu niên thấy rằng đạo Phật làmột cái gì rất “hợp thời”, không còn cổ hủ nữa. Đây là “Bài Hát Chính Thức” của tổ chức Gia Đình Phật Tử “Hoa Sen Trắng” sau này.
Năm 1939: Nhiều ban Đồng Ấu mới được thành lập, và những ban này bắt đầu hướng dẫn, học tạp và rèn luyện bởi những đoàn viên của đoàn Phật học Đức Dục.
Năm 1942: Cuốn sách căn bản về Phật học để giáo dục thanh thiếu niên hồi ấy là cuốn Phật Giáo Sơ Học được đoàn Phật Học Đức Dục soạn và ấn hành 2. thấy thế hệ trẻ làm việc có hiệu quả, Lê Đình Thám giao cho họ việc biên tập Viên Âm và sử dụng tạp chí này để tạo dựng một thế hệ Phật tử mới. Từ số 48 trở đi Viên Âm đổi mới hoàn toàn. Hầu hết mọi bài vở đều do đoàn viên Đoàn Phật Học Đức Dục viết. Văn của họ mới, gọn và dễ hiểu, hướng cả về tuổi trẻ. Truyện tiền thân của họ viết làm say mê thiếu niên và thiếu nữ Những năm 1942, 1943 và 1944: các lớp Phật pháp được tiếp tục tổ chức tại chùa Từ Đàm, Bảo Quốc, Trúc Lâm, Tra Am cho thanh niên tân học vào mùa nghỉ hè và cư sĩ Tâm Minh luôn luôn phụ trách việc giảng dạy.
Ngày 21-5-1944, một đại hội Thanh Thiếu Niên Phật Tử được tổ chức tại rừng Quảng Tế. Đại hội này khai sinh Gia Đình Phật Hóa Phổ, tiền thân của tổ chức Gia Đình Phật Tử sau này.
Phật học Đức dục còn tổ chức Phật tử Đồng ấu – là đoàn thể quy tụ thiếu nhi của Phật giáo miền Trung. Bên cạnh sự ra đời của Phật tử Đồng ấu còn có các tổ chức khác như Thanh niên Phật tử, Hướng đạo Phật tử và Gia đình Phật Hoá phổ. Năm 1947, Tổng trị sự Hội Việt Nam Phật học quyết định cải tổ chương trình tu học, hợp nhất cả bốn tổ chức trên thành tổ chức duy nhất là Gia đình Phật Hoá phổ. Võ Đình Cường được đề cử đứng ra hướng dẫn tổ chức, cùng với sự cộng tác của Phan Cảnh Tuân, Phan Xuân Sanh, Văn Đình Hy, Hoàng Thị Kim Cúc, v.v… Mục đích của Gia đình Phật Hoá phổ là đào tạo những Phật tử chân chính và xây dựng hạnh phúc trên nền luân lý đạo Phật, với châm ngôn là Hoà thuận – Tin yêu – Vui vẻ. Lúc đầu, Gia đình Phật Hoá phổ phát triển mạnh ở Huế, sau đó lan nhanh ra các thành phố lớn của cả nước như Đà Nẵng, Quảng Trị, Nha Trang, Đà Lạt, Sài Gòn, Hà Nội…
Năm 1951: Đại hội Phật giáo toàn quốc họp tại chuà Từ Đàm – Huế; Tổng Hội Phật giáo Việt Nam được thành lập do Hoà thượng Thích Tịnh Khiết làm Hội chủ, cư sĩ Mai Thọ Truyền làm Tổng Thư kí. Tổng hội này có các uỷ viên như uỷ viên tăng sự, uỷ viên hoằng pháp, v.v… trong đó có uỷ viên GĐPT do Võ Đình Cường phụ trách.
Ngày 24, 25, 26 tháng 4 năm 1951: Tổng Trị sự triệu tập Đại hội đầu tiên bàn về Gia đình Phật tử tại chùa Từ Đàm (Huế) gồm đại biểu của 8 tỉnh miền Trung và các đại diện chính thức của Gia đình Phật Hoá phổ miền Bắc và miền Nam. Mục đích của Hội nghị là báo cáo về tình hình sinh hoạt, phát triển của Gia đình Phật Hoá phổ tại các vùng, miền và các tỉnh; trao đổi kinh nghiệm xây dựng Gia đình, tổ chức Đoàn Đội liên hệ với tổ chức Phật giáo địa phương; thảo luận nội quy và danh xưng ). Tại Đại hội này, danh xưng của tổ chức được đổi là “Gia đình Phật tử”.
Ngày 12-2-1963: Công cuộc tranh đấu chống lại chính sách kỳ thị tôn giáo được khởi đầu tại chùa Từ Đàm, dưới sự lãnh đạo của Đại Lão Hoà Thượng Thích Tịnh Khiết. Từ đó lan rộng ra khắp nhiều vùng.
Ngày 10-5-1963: Đòi chính quyền thực thi “Năm nguyện vọng của Phật Giáo”, khởi đầu từ chùa Từ Đàm đến Trụ sở Viên Thủ Hiến Trung Việt.
Ngày 18-06-1963, Từ chùa Từ Đàm, chư tăng và Phật tử cung thỉnh Hoà Thượng Thích Tịnh Khiết vào Sài Gòn, để có thể trực diện đấu tranh với chính quyền trung ương của Ngô Đình Diệm
Ngày 20-8-1963, sau cuộc tự thiêu cúng dường Phật pháp của Bồ Tát Thích Quảng Đức, nhà cầm quyền dùng kế hoãn binh nhượng bộ, nhưng sau đó thì đàn áp khốc liệt hơn. Đó là mầm mống thủ tiêu chế độ gia đình trị họ Ngô.
Năm 1966: Từ Đàm lại khởi động cuộc vận động mới, đòi nhà cầm quyền quân chính tham gia cuộc vãn hồi “Hoà bình cho Việt Nam”
Tháng 7-1966: Từ Từ Đàm có Thông bạch “Thỉnh bàn thờ xuống đường”.
Sau ngày giải phóng đất nước, chùa Từ Đàm được đặt làm Văn Phòng Trị sự của Phật Giáo Thừa Thiên – Huế
Từ việc sơ lược những sự kiện nói trên cho thấy Từ Đàm vốn là nơi thanh tịnh, tuy nhiên trong trường hợp cần bảo vệ đạo pháp, Tổ quốc, vẫn trở thành nơi vân tập những Phật tử tranh đấu kiên cường, gương mẫu.
