Các ngành chuyên môn của THPG được tổ chức thành 8 ban, mỗi ban có 20 uỷ viên. Ngoài ra, tổ chức của Tỉnh hội còn có: 1 Ban Giám hiệu, gồm 7 vị quản lý Trường Trung cấp Phật học, 1 lớp giáo lý căn bản Phật học, 1 Giảng sư đoàn Ban Hoằng pháp Tỉnh hội, 1 Ban Điều hành Ni giới và 2 lớp sơ cấp Phật học tại TP. Biên Hoà và huyện Long Thành.
Năm 1992, sau khi chia tách và thành lập tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu, địa giới hành chánh các huyện có thay đổi, nhưng số lượng vẫn là 8 huyện, 1 thành phố. Tỉnh hội củng cố, điều chỉnh bổ sung thành lập các BĐDPG với số lượng nhân sự ít nhất là 5, nhiều nhất là 11. Đến năm 2003, thành lập thêm BĐDPG huyện Trảng Bom, Cẩm Mỹ và đổi danh xưng thị xã Long Khánh. Hiện nay, THPG Đồng Nai có 11 Ban Đại diện huyện, thị, thành.
Tăng sự: Hiện nay tỉnh có 423 cơ sở, có 261 chùa, thiền viện, tu viện; 36 tịnh xá; 104 tịnh thất, thiền thất; 22 niệm Phật đường. Ngoài ra, còn có gần 300 am, cốc Tăng Ni sống độc cư tu tịnh hạnh. Về Tăng Ni có 2.889 Tăng Ni, gồm 1.193 Tăng, 1.696 Ni. Từ năm 1983 đến nay bổ nhiệm 107/423 trụ trì các tự viện và đã cấp 1.086 Giấy chứng nhận Tăng Ni. Về giáo phẩm có 5 HT, 44 TT, 34 NS.
An cư kiết hạ: Tổ chức 194 khoá ACKH, số người tham dự tu học hàng năm ít nhất là 1.632, nhiều nhất là 2.230 Tăng Ni. Tổ chức 4 khoá bồi dưỡng nghiệp vụ trụ trì và hành chánh, có 427 lượt học viên đăng ký học tập.
24 năm qua Tỉnh hội đã tổ chức 12 đàn giới, mỗi đàn giới có từ 1.200 đến 1.500 giới tử đăng ký xin thọ giới.
Giáo dục tăng ni: Trường Cơ bản Phật học Đồng Nai (nay là Trường Trung cấp Phật học) trong khoá I, II, III và IV đã đào tạo 702 Tăng Ni tốt nghiệp; khoá V (2005-2009) có 140 Tăng Ni sinh đang theo học; 1 lớp giáo lý cơ bản Phật học tại chùa Long Thiền có 115 Tăng Ni sinh, 2 lớp sơ cấp Phật học tại Biên Hoà và Long Thành có 123 Tăng Ni sinh đang theo học.
Phật giáo Đồng Nai có 5 Tăng Ni học vị tiến sĩ; 6 Tăng Ni sau đại học thuộc các ngành Phật học, Đông phương học và Ngôn ngữ học; 76 Tăng Ni tốt nghiệp cử nhân Phật học tại các Học viện Phật giáo TP. Hồ Chí Minh , TP. Huế, TP. Hà Nội và Đại học Quốc gia; 52 Tăng Ni sinh tốt nghiệp cao đẳng Phật học. Cuối năm 2006 dự kiến thành lập lớp cao đẳng chuyên khoa Phật học.
Hoằng pháp: Từ năm 1995 đến nay, có 45 giảng sư được đào tạo các khoá Thiện Hoà, khoá Thiện Hoa; hiện có 21 vị đang theo học khoá III (2006-2010) do Ban Hoằng pháp Trung ương tổ chức. Năm 2002, thành lập Giảng sư đoàn gồm 54 vị giảng sư có trình độ chuyên môn đầy đủ kinh nghiệm đang giảng dạy tại Học viện Phật giáo TP. Hồ Chí Minh, các trường cao đẳng, trung cấp Phật học và các khoá đào tạo giảng sư cao cấp, trung cấp. Hàng năm thực hiện được từ 200 đến 300 lần giảng, có 98.000 lượt Phật tử tham dự tu học.
Văn hoá:
* Có 6 phòng phát hành kinh sách trong các tự viện tại Biên Hoà và Long Thành.
* Xuất bản 72 đầu sách Phật học, giới luật của Phật giáo Nam tông, Thiền tông, Tịnh Độ tông, đĩa thi ca, nhạc quê hương và Phật giáo, phát hành băng đĩa các bài giảng, bài tụng…
* Thiền viện Thường Chiếu, chùa Bửu Đức và một số tự viện lớn tại Biên Hoà soạn dịch gần 100 đầu sách kiến thức tu học.
* Biên soạn Từ điển văn hoá lịch sử, danh lam thắng cảnh du lịch Việt Nam – Sách Những ngôi chùa Đồng Nai – Kỷ yếu giới đàn – Niên giám GHPGVN – Các bài tham luận hội thảo về Bác Hồ, 300 năm Phật giáo Biên Hoà, Đồng Nai – Vấn đề tang lễ – Kỷ yếu Hoà thượng Phó Pháp chủ GHPGVN – Thi tập và Lịch sử của các hệ phái Phật giáo – Thực hiện bản tin, phóng sự trên các báo Giác Ngộ, Văn Hoá Phật Giáo.
Hướng dẫn phật tử: Hiện nay toàn tỉnh có trên 500.000 tín đồ Phật tử; 27 Gia đình Phật tử; 1 huynh trưởng cấp Tấn; 176 huynh trưởng cấp Tập, cấp Tín; 1.500 đoàn viên.
Năm 2004, tổ chức Trại sơ cấp Lộc Uyển, có 95 đoàn viên tham dự và trúng tuyển. Năm 2005, quyết định công nhận 21 huynh trưởng được xếp cấp Tập và 6 huynh trưởng được xếp cấp Tín.
Từ thiện xã hội: Chư Tăng Ni, Phật tử 25 năm qua đã tích cực góp phần Phật sự với Giáo hội và địa phương quy thành tiền hơn 32 tỷ đồng.
