Một thời gian sau, nhà sư Nguyễn Phước Sanh – một trong 3 vị sư sáng lập chùa đã dời chùa đến vị trí cách Đá Bồ 300 m về phía tây. Đến năm Kỷ Dậu 1849, chùa được di dời đến vị trí hiện nay và được xây dựng lại quy mô và bề thế hơn theo lối kiến trúc dân gian truyền thống đương thời.
Ngược dòng lịch sử, cuối thế kỷ XIX, đầu thế kỷ XX, chùa Phước An là nơi gặp gỡ, bàn bạc và trao đổi thời cuộc của các sĩ phu yêu nước đương thời. Đặc biệt là vào tháng 8/1910, Chủ tịch Hồ Chí Minh – khi đó còn là anh thanh niên Nguyễn Tất Thành trên đường từ Quy Nhơn vào Sài Gòn đã ghé Duồng để tìm gặp cụ Trương Gia Mô – vốn là bằng hữu của ông Nguyễn Sinh Sắc – thân sinh Nguyễn Tất Thành – khi hai ông còn làm quan tại triều đình Huế.
Cụ Mô đã tiếp đón Nguyễn Tất Thành với một tình cảm đặc biệt ưu ái. Để tránh sự nhòm ngó của bọn mật thám Pháp, ban ngày cụ gửi anh Thành tá túc ở chùa Phước An, đêm đến mới đưa anh Thành về lại nhà an nghỉ. Đêm đêm, bên ngọn đèn hai bác cháu hàn huyên, trao đổi thời cuộc, cả hai cùng có chung một chí hướng là làm sao tìm ra con đường cứu nước, cứu dân phù hợp để đánh đuổi bọn thực dân, phong kiến.
Những ngày dừng chân và sinh sống ở Duồng, được tiếp xúc với cảnh sống cơ cực của người dân lao động biển đã giúp cho Nguyễn Tất Thành hiểu sâu hơn về cuộc sống và nỗi khốn khổ của nhân dân ta trước ách thống trị của bọn thực dân phong kiến.
Chùa Phước An tọa lạc trên sườn đồi có cao độ 52m so với mực nước biển trung bình. Dưới thời Pháp thuộc, để khống chế và đàn áp phong trào đấu tranh cách mạng của quân và dân ta, giặc đã cho xây dựng đồn bót kiên cố ngay phía sau lưng chùa Phước An. Liên tục từ năm 1949 – 1954, quân ta đã nhiều lần tiến công đánh đồn, nhiều trận đánh ác liệt đã diễn ra, chùa Phước An do ở sát cạnh đồn nên phải gánh chịu hậu quả nặng nề của bom đạn chiến tranh.
Trải qua những biến cố của lịch sử, đến nay chùa Phước An đã được trùng tu, tôn tạo lại khá trang nghiêm và bề thế, với nhiều hạng mục như: chính điện, giảng đường, hậu tổ, cổng chính, bảo tháp, pho tượng Thích Ca nhập niết bàn, lầu chuông, lầu trống…Kiểu dáng, kết cấu kiến trúc và các họa tiết trang trí nghệ thuật ở ngoại và nội thất của các hạng mục đều mang đậm dấu ấn Phật giáo truyền thống của dân tộc.
Tại chùa còn bảo lưu một bộ ván gỗ khá nguyên vẹn, trong thời gian ẩn dật tại chùa trước đây, Nguyễn Tất Thành đã sử dụng chính bộ ván này để nghỉ ngơi. Đến nay, bộ ván gỗ này vẫn được nhà chùa và nhân dân địa phương trân trọng bảo quản và đặt ở nơi trang nghiêm trong chùa để thể hiện tấm lòng thành kính đối với Bác.
Từ khi tạo lập đến nay, chùa Phước An là nơi sinh hoạt tôn giáo, tín ngưỡng tâm linh quan trọng của người dân địa phương và giới tín đồ phật tử gần xa. Ngoài những giá trị về mặt văn hóa tâm linh như những ngôi chùa khác, chùa Phước An còn được người dân địa phương tôn vinh với thái độ thành kính và trân trọng. Dù đã hơn 100 năm trôi qua, nhưng hình bóng thời trai trẻ của Bác như vẫn còn nơi đây.
