Chùa Huê Nghiêm 2 phát xuất từ Tổ đình Huê Nghiêm ở Thủ Đức. Tổ đình Huê Nghiêm do bậc danh Tăng là Tổ Thiệt Thụy Tánh Tường khai sáng cách nay trên 300 năm. Trong những vị Tổ kế nghiệp, nơi đây đã từng một thời vang danh với công đức giáo hoá của Tổ Huệ Lưu. Hoà thượng Thích Trí Quảng – Phó Chủ tịch HĐTS cũng xuất thân từ Tổ đình Huê Nghiêm và hiện Ngài đang là Viện chủ Tổ đình Ấn Quang và Tổ đình Huê Nghiêm.
Ngôi chùa dự kiến hoàn thành vào đầu năm 2010. Chùa mang dáng dấp pha trộn giữa kiến trúc Nhật Bản và kiến trúc Việt Nam.
